Kenta a trouvé une lettre de Gingka: il doit quitter ses amis pour quelque temps, mais il ne peut pas leur dire pourquoi. Kenta est triste de sentir que Gingka ne se remet pas de sa défaite face à Ryuga dans le complexe de la Nébuleuse Noire, où sa toupie Pegasus a dû s'incliner devant la puissance extraordinaire de L-lightning Drago. La victoire de Ryuga semble avoir brisé la confiance en soi de Gingka. Les amis de Gingka sont inquiets pour lui. Ils se rendent à Koma, le village natal de leur ami, où ils pensent que celui-ci est allé se réfugier. Le village est situé dans des montagnes reculées et les sentiers rocailleux qui y mènent dissimulent bien des dangers. Heureusement ils rencontrent un nouvel ami, Hyoma qui leur offre son aide. Hyoma accepte de guider le groupe vers le village, mais Kyoya a des doutes... Hyoma est-il vraiment un ami ?

Kenta confronte Gingka et Gingka finit par lui raconter son passé. Nous apprenons que le père de Gingka, Ryo, était le premier propriétaire de la toupie Pegasus et que son adversaire principal était Ryuga. Ryuga vainc Ryo dans un duel entre Pegasus et la toupie interdite Lightning L-Drago. Cette toupie provoque l’effondrement de la montagne Hagane et Ryo périt dans les décombres. Ryo dit ses derniers mots à son fils. Il lui demande de vaincre Ryuga pour que L-Drago retourne à sa place. C’est pourquoi, toutes ces années, Gingka a travaillé si dur pour améliorer ses compétences.

Gingka affronte son ancien adversaire Ryuga… mais sa colère entrave ses chances de gagner.

A l’intérieur du château de la Nébuleuse noire, Gingka est face à face avec son vieil ennemi… Ryuga qui possède la Toupie Interdite, L-Drago.  Gingka révèle que Ryuga est la seule personne au monde qu’il ne pardonnera jamais. Un combat s’ensuit durant lequel la colère de Gingka alimente le pouvoir de L-Drago.  Ryuga  pousse Gingka à bout en lui disant que son père n’était pas non plus à la hauteur. Cela augmente la colère de Gingka et malgré les avertissements de ses amis, Gingka bataille encore plus durement, aidant ainsi Ryuga à récupérer ses forces et remplissant L-Drago de pouvoir. C’est une défaite bouleversante pour Gingka.

Nos amis se sont introduits dans le complexe de la nébuleuse Noire. Doji les informe qu’il les attend au dernier étage. Mais, pour rejoindre ce dernier étage, ils doivent franchir toutes sortes d'obstacles, affronter de dangereux bladers et différents dispositifs de défense et d’agression. Ce sont finalement les talents d'informaticienne de Madoka qui leur permettront de franchir les obstacles et de se retrouver face à leur pire ennemi.

Doji arrive pour boire à la santé de la victoire de Gingka. Mais Gingka n'a pas le temps d'apprécier ses félicitations. Doji lance Dark Wolf et humilie Kyoya lors d'un duel. Benkei rejoint Kenta, Gingka et Madoka pour les aider à trouver le quartier général de Doji et pour détruire sa toupie interdite L Drago. Mais Doji les attends et leur envoie un escadron d'avions de chasse pour essayer de détruire les toupies de la bande une fois pour toutes. Obligés de combattre des ennemis bien supérieurs en nombre, nos amis sont vraiment en difficulté. Heureusement, un allié inespéré les rejoint: Kyoya, dont la toupie, Rock Leone, arrive à renverser la situation. Tous se lancent alors à nouveau à la poursuite de Doji.